V počátcích lomové těžby mramoru byly Na Pomezí v tak zvaném Havrankově lomu, ve svahu přibližně dvě stě metrů od nynějšího vchodu do jeskyní, byly známy drobnější krasové dutiny už ve třicátých letech. Jeskyně dostaly jména Utajená (1934), nebo Komínová (1935), a v roce 1936 byl po provedeném odstřelu odkryt otvor do velké jeskyně s bohatou krápníkovou výzdobou a sintrovými náteky, která byla v době svého objevu nazvána „Gemärke-Höhle“.
Objev jeskyně ohlásil majitel lomu R. Franke památkovému úřadu v Brně a ten nechal tehdy jeskyni prozkoumat. Výsledkem výzkumu bylo zjištění, že se jedná o poměrně členitou a rozsáhlou jeskyni s bohatými krápníkovými útvary. Jeskyně ale nebyla po objevu uzavřena a byla často navštěvována místními obyvateli i náhodnými turisty, kteří zde ničili a vylamovali krápníkovou výzdobu. Jeskyně tak byla postupně a systematicky devastována.
Pravděpodobně také v souvislosti s objevem jeskyní byla těžba vápence v místě zastavena. O jeskyni se živě zajímali místní němečtí občané, což dokládá i nápis „Kurt – Höhle“ v dnešním Bahenním dómu, datovaný 21. 10. 1937. Dějepisci uvádějí, že jeskyně Na Pomezí objevil v roce 1935 Karl Kurt Hauke z Jeseníku, který se v této oblasti skrýval a hledal přírodní úkryty. Tento sudetský němec, aktivní henleinovec, byl totiž zapojen ve 30. letech do provokativních akcí.
Zájem o jeskyně se obnovil až po válce. Namáhavý sestup úzkým průlezem se odehrál přesně před 75 lety
Po skončení druhé světové války a přílivu českého obyvatelstva na Jesenicko se obnovil zájem o poznání a průzkum oblasti, který podpořily i úřady, odborné ústavy a vysoké školy. Z podnětu Cestovní informační služby v Jeseníku a členů turistického oddílu Sokola Jeseníku byl zahájen v létě 1949 průzkum do té doby známých a již odkrytých prostor.
Jedním z motivů byl též podnět Sboru Národní Bezpečnosti, protože několik výrostků odnášelo z jeskyní vylámané krápníky. Vedení Sokola požádalo správu Moravského krasu v Brně o vyslání odborníka a obhlídku jeskyní provedl dne 1. srpna 1949 vedoucí krasového oddělení Moravského zemského muzea v Brně, doktor Pokorný, který po prohlídce doporučil bližší průzkum jeskyňářskou skupinou Moravského krasu. Skupina ve složení Kyněra, Šebela, Čubuka, Balák přijela 12. srpna 1949 a pod vedením O. Ondrušky provedla detailní průzkum celého území Na Pomezí.
Jinou skupinu vytvářel současně turistický oddíl KČT Sokol Jeseník, jejím vedoucím byl zpočátku Karel Všetička st., pracovník ONV v Jeseníku. V neděli 28. srpna 1949 pak při povrchové obhlídce skalní stěny objevili členové průzkumné skupiny v malém zaniklém kamenolomu otvor o velikosti 50 x 25 cm. Zápisu z doby uvádí: „Citelný jeskynní chlad a časté průlety netopýrů zde naznačily, že se jedná o vstup do většího jeskynního systému…“.
Po odklizení napadené suti u vstupního otvoru pronikla průzkumná skupina po velmi namáhavém sestupu, který vedl úzkým průlezem a změtí vápencových bloků do první jeskynní prostory, kterou objevitelé nazvali „Kostelík“ . Prvními členy skupiny Sokol Jeseník, kteří při této akci poprvé sestoupili do jeskyní, byli K. Všetička ml., J. Netopil, J. Kulišťák a O. Šmíd.
Za „Kostelíkem“ byly postupně objeveny další jeskynní prostory a již 31. srpna 1949 pronikli jeskyňáři kolem „Vodního dómu“ až do nejnižší části nynější návštěvní trasy ke „Zvonici“ a „Klenotnici“.
První prohlídky byly zahájeny v roce 1950
Po těchto objevech a ověření značného rozsahu jeskynních prostor s velmi bohatou krápníkovou výzdobou byla v září do Jeseníku svolána pracovní porada se zástupci Ministerstva školství věd a umění, KNV v Olomouci, ONV v Jeseníku, Státního Památkového úřadu pro zemi Moravskoslezskou, Palackého university v Olomouci, Slezského studijního ústavu v Opavě, zástupců n.p. Moravskoslezského kamenoprůmyslu, ředitelství Státních lesů aj. Zde Dr. V. Homola, geolog a speleolog MŠVÚ požádal zástupce n.p. Moravskoslezského průmyslu kamene, aby byly v lomu nad jeskyněmi omezeny trhací práce.
Na jednání bylo rozhodnuto o zpřístupnění objevených jeskyní, ONV v Jeseníku vytvořil pro Správu jeskyní v okrese Komunální podnik. Jeskyně mu byly 15. 10. 1949 předány do správy a Komunální podnik zahájil svoji činnost 1. 1. 1950. Byly zahájeny zpřístupňovací práce v Jeskyních Na Pomezí, které prováděla Správa silnic a podílelo se na nich až třicet dělníků. Pro značnou technickou náročnost nezbytných úprav v jeskyni, byl v první etapě zpřístupněn malý okruh v délce 135 m. Zpřístupňovací práce prvního úseku návštěvního okruhu byly zahájeny 1. 1. 1950, dokončeny 30. 4. a jeskyně byly slavnostně otevřeny 16. 5. 1950. Vybraná trasa překonávala velké převýšení s poměrně extrémně exponovaným pohybem návštěvníků po jeskyních. Šlo i úžasný sportovní výkon prvních průvodců, kteří byli často nuceni tuto trasu absolvovat i více jak dvacetkrát za směnu.
První rok provozu jeskyní probíhal pod hlavičkou Komunálního podniku při ONV v Jeseníku. Od 28. 1. 1951 se jeskyně Na Pomezí staly součástí družstva Severomoravský kras v Olomouci a od 1. 1. 1952 součástí národního podniku Čedoku, pak součástí n.p. Turista, který provedl v letech 1954-1955 zpřístupnění dalších částí jeskyně. Během značných úprav byl zrušen starý vchod a do jeskyně proraženy dvě štoly: dnešní vchod a východ z jeskyní. Tím došlo k vytvoření jednoho uceleného okruhu. Jeskyně byly nově elektricky osvětleny. Práce na zpřístupnění byly přes velké překážky a značnou námahu ukončeny a tato nová návštěvní trasa předána do provozu na počátku letní sezóny 1955. Až do roku 1990 byly jeskyně ve správě Krajského vlastivědného ústavu v Olomouci, kdy je převzal Český ústav ochrany přírody, v r. 1995 Agentura ochrany přírody a krajiny ČR.
Vlastimil Blaťák