Narodil se roku 1946 v Brně a pokřtěn byl v kostele sv. Jakuba v Brně. Matka Winifred Hayek Czerny i otec Egon Czerny byli katolíci, ale v očích nacistických úřadů převládl matčin židovský původ zděděný po jejích obou rodičích, kteří byli ovšem rovněž římsko-katolického vyznání. Kvůli svému židovského původu matka Winifred za 2. světové války strávila dvacet měsíců ve vězení a v koncentračním táboře. Otec se s matkou během její internace v Terezíně odmítl rozvést, a tak strávil posledních osm měsíců války v táboře nucených prací v Postoloprtech. Koncem roku 1948 rodina spolu se syny Michaelem a mladším Robertem emigrovala do Kanady. Zde žila rodina původně ve frankofonním prostředí, následně v Pointe Claire, anglofonním předměstí Montréalu, nejlidnatějšího města kanadské provincie Quebec. Jeho mateřštinou je čeština, s rodiči mluvili ale také německy. Záhy po příjezdu do Kanady se naučil francouzsky a následně anglicky. Matka byla umělkyně, zabývala se také tvorbou portrétů. Rodina věnovala tři její portrétní busty, včetně portrétu syna Michaela, do Terezínského muzea.
Roku 1963 vstoupil do Tovaryšstva Ježíšova. Dne 9. června 1973 byl vysvěcen na kněze. Roku 1978 získal doktorát z interdisciplinárních oborů na Chicagské Univerzitě. Roku 1979 v Torontu založil Jezuitské centrum pro sociální důvěru a spravedlnost, které vedl až do roku 1989. Poté se stal vicerektotem Středoamerické univerzity v San Salvadoru a ředitelem Institutu humanitních studií.
Zájem o slabé a nemocné. Papež jej pak pověřil zabývat se problematikou migrace
V letech 1992–2002 byl sekretářem oddělení pro sociální spravedlnost v generální kurii Tovaryšstva Ježíšova. Poté odešel do Afriky, kde se stal zakladatelem a ředitelem African Jesuit AIDS Network bojující proti pandemii HIV/AIDS. V letech 1987–1988 a 1993 pobýval v Česku. V lednu 1996 se účastnil setkání jezuitského sociálního apoštolátu v postkomunistických zemích konaného v jezuitské rezidenci u kostela sv. Ignáce v Praze.
Roku 2005 se stal profesorem na Hekima College, součásti Katolické univerzity Východní Afriky v Nairobi, a pracovníkem Biskupské konference v Keni. Roku 2009 byl jmenován adjutorem Biskupské synody v Africe a roku 2010 se stal poradcem Papežské rady Justitia et pax.
Dne 14. prosince 2016 jej papež František jmenoval podsekretářem oddělení pro migranty v Sekci pro migranty a uprchlíky v Dikasteriu pro službu integrálnímu lidskému rozvoji (spolu s Fabiem Baggiem.) V roce 2016 pověřil Timothyho Schmalze, aby vytvořil sousoší Angels Unawares, která zobrazuje loď nesoucí migranty a uprchlíky v oblečení z různých kultur a období. Sousoší bylo slavnostně odhaleno na náměstí svatého Petra ve Vatikánu v roce 2019.
Dne 21. února 2020 byl jmenován členem Kongregace pro evangelizaci národů a 8. července téhož roku členem Papežské rady pro mezináboženský dialog. V červnu 2021 byl v porotě Zayedovy ceny za lidské bratrství. V lednu 2022 se stal prefektem ad interim Dikasteria pro službu integrálnímu lidskému rozvoji. Jeho status úřadujícího prefekta byl zrušen, když byl 23. dubna 2022 jmenován na pětileté období prefektem.
Byl hlavním celebrantem bohoslužby Národní pouti na Velehradě 5. července 2022. Během této cesty do Česka navštívil také Olomouc, kde se intenzivně zajímal o činnost místní charity.
Dne 4. května 2019 ho papež František jmenoval jedním ze dvou zvláštních tajemníků pro biskupskou synodu pro oblast Amazonie. Na tiskové konferenci představující závěrečný dokument Synody uvedl, že se církev musí naučit respektovat kulturní rozdíly: „Nepředpokládat, že způsob, jakým jsem, nebo způsob, jakým jsme, je definitivní, že je normou, že je to způsob, jakým musím být … Je nutné přimout rozdíly “. V roce 2015 napsal, že mezi organizacemi Amazonie před ustavením REPAM existovala „omezení a fragmentace“, ale organizace koordinovala práci katolické církve v Amazonii a pracovala na obraně domorodých obyvatel a životního prostředí.
Dne 1. září 2019 papež František vyhlásil svůj úmysl jej jmenovat kardinálem, spolu s dvanácti dalšími duchovními, a to při konzistoři plánované na 5. října 2019. Dne 26. září 2019 jej proto papež jmenoval titulárním arcibiskupem diecéze v Beneventu. Dne 4. října 2019 mu ve svatopetrské bazilice osobně udělil biskupské svěcení. Spolusvětiteli byli kardinál státní sekretář Pietro Parolin a kardinál Peter Turkson. Při konzistoři 5. října 2019 papež František M. Czernyho kreoval kardinálem.
Olomoucká návštěva: Strádající sami musejí být součástí řešení problému
Na olomoucký Svatý Kopeček zavítal ve středu 6. července 2022 kardinál Michael Czerny z Říma, který tehdy se seznámil se službami, prací a posláním Charity Olomouc. Vyslanec Svatého stolce zde promluvil o důležitosti naslouchat a nastínil, že součástí řešení sociálních problémů musí být také sami strádající.
Prohlédl si při své návštěvě také svatokopeckou Baziliku Navštívení Panny Marie a se zájmem si vyslechnul představení středisek a služeb Charity Olomouc pro osoby bez střechy nad hlavou. „Svatý otec nám klade na srdce a v Kristově jménu nás žádá o to, abychom při charitní práci stále používali hlavu. Tím vytváříme kompetentní Charitu, která je připravena pomáhat efektivně všem. Vy jste důkazem toho, že je to možné a máte skutečnou úctu k lidem, které doprovázíte,“ prohlásil tehdy kardinál Czerny, podle něhož je klíčovou složkou sociálních služeb potřeba naslouchat.
Vlastimil Blaťák
